Στο Τμήμα λειτουργούν τα ακόλουθα ερευνητικά εργαστήρια, τα οποία αποτελούν το βασικό πυρήνα διεξαγωγής ερευνητικών δραστηριοτήτων στις αντίστοιχες θεματικές περιοχές:
- Συστήματα Πληροφορικής και Υποστήριξης Διοικητικών Αποφάσεων.
- Εργαστήριο Ηλεκτρονικών Υπηρεσιών.
- Εργαστήριο Εφαρμοσμένης Οικονομικής Έρευνας.
Τα δύο από τα τρία εργαστήρια είχαν θεσμοθετηθεί παλαιότερα και απομένει η έκδοση νέου ΦΕΚ για το νέο καθεστώς λειτουργίας τους. Και τα τρία ερευνητικά εργαστήρια έχουν τύχει χρηματοδότησης από το Π.Ε.Π. Κεντρικής Μακεδονίας (2009-2012).